선경세무법인 서울서부본부

[법인세 환급 성공 사례] 놓쳤던 R&D 및 설비투자 세액공제, 정밀한 경정청구로 3억 원을 되찾다

1. 상담내용 : 잠들어 있던 기업의 자금을 발견하다

경기도 안산 위치한 제조기업 W사는 최근 과거 법인세 신고 내역을 자체 점검하던 중, 마땅히 받았어야 할 세제 혜택을 놓친 정황을 발견하고 선경세무법인 서울서부본부에 심층 검토를 의뢰했습니다.

초기 검토 결과, 다음과 같은 주요 누락 사항이 확인되었습니다.

✔ 기업부설연구소 연구원 인건비 등 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 일부 미적용

✔ 공장 자동화 및 서버 구축 등에 투입된 설비투자 세액공제 누락

이를 통해 1차적으로 추산된 법인세 환급(경정청구) 가능액은 약 4억 원 규모에 달했습니다.

2. 핵심 진단 : 환급의 성패를 가를 주요 쟁점

경정청구는 단순히 세금을 돌려달라고 요구하는 것이 아니라, 과세관청을 논리적이고 합법적으로 설득해야 하는 깐깐한 과정입니다. 이번 사례의 핵심 쟁점은 다음과 같았습니다.

✔ R&D 세액공제의 적격성 : 해당 연구개발비가 세법상 공제 대상 요건을 완벽히 충족하는가? (연구노트 작성 여부, 전담 부서 편성 등 실질 요건 증빙)

✔ 투자세액공제 대상 자산의 분류 : 도입된 설비와 시스템이 조세특례제한법상 공제 대상 자산에 명확히 해당하는가?

✔ 이외의 세무조정 내용상 오류 검토 : 과거 신고 당시 누락된 비용 처리와 세무조정 오류는 없는가?

특히 R&D 세액공제의 경우 공제 금액 산정 방식과 증빙 자료의 질에 따라 최종 환급액이 크게 요동칠 수 있는 민감한 사안이었습니다.

3. 맞춤형 환급 솔루션 : 선경세무법인의 3단계 정밀 타격 전략

선경세무법인 서울서부본부는 그간 축적된 다수의 법인세 경정청구 성공 노하우를 바탕으로, 과세관청의 사후 검증까지 완벽히 대비한 철저한 환급 전략을 실행했습니다.

💡 전략 1: R&D 세액공제 증빙의 재구성 및 극대화

과거 연구개발 관련 기안문, 연구노트, 참여 연구원 명부 및 급여대장을 전면 재조사하여, 세법상 인정받을 수 있는 R&D 비용을 보수적이면서도 최대한으로 재산정했습니다.

💡 전략 2: 투자 자산의 성격 규명 및 공제 매칭

회계장부상의 단순한 '기계장치'나 '소프트웨어' 분류를 넘어, 실제 투자된 설비의 스펙과 사용 목적을 정밀 분석하여 적법한 투자세액공제 항목으로 정확히 매칭했습니다.

💡 전략 3: 빈틈없는 경정청구서 및 소명 자료 제출

단순한 숫자 수정을 넘어, 조세심판원 선례와 관련 국세청 예규를 총망라한 의견서를 첨부하여 과세관청이 이견을 제시할 수 없도록 선제적인 방어 논리를 구축했습니다.

4. 극적인 세금 환급 결과

철저한 법적 근거 수립과 치밀한 소명 과정을 거친 결과, 성공적인 자금 회수를 이뤄냈습니다.

5. 주요 포인트 및 전문가의 조언

법인세 신고 당시에는 미처 챙기지 못했던 연구·인력개발비(R&D) 세액공제와 각종 투자세액공제는 기업 입장에서 가장 확실한 '숨은 자금'입니다.

법정 신고 기한이 지났더라도, 신고기한 경과 후 5년 이내라면 경정청구를 통해 정당하게 낸 세금을 다시 돌려받을 수 있습니다.

하지만 자칫 세무조사의 빌미가 될 수 있다는 막연한 두려움 때문에 권리 행사를 포기하는 기업이 많습니다. 

정기적이고 전문적인 세무 진단을 통해 과거 신고 내역의 오류를 바로잡고, 정당한 절세 혜택을 누리며 기업의 현금흐름을 든든하게 확보하시길 권장합니다.

놓치고 있었던 세액공제 

지금 선경세무법인 서울서부본부와 함께 검토하세요.

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